После участия в Войне Клонов Энакин и Оби-Ван возвращаются на Корусант. Во время осады столицы им поручено проникнуть на линкор «Незримая Длань», корабль одного из командиров армии сепаратистов, генерала Гривуса для того, чтобы освободить из плена канцлера Палпатина. Лидер сепаратистов Граф Дуку в поединке с джедаями оглушает Оби-Вана, но и сам оказывается повержен Энакином. Палпатин приказывает Энакину обезглавить беззащитного Графа. Энакин исполняет просьбу, но сомневается в её правильности. Убийство беззащитного пленника — не дело джедая. Палпатин утверждает, что Дуку «слишком опасен для того, чтобы его можно было оставить в живых». После спасения канцлера Энакин с помощью Оби-Вана сажает полуразрушенный крейсер на посадочную полосу на одном из космодромов на Корусанте.
После возвращения Энакина на Корусант Падме рассказывает ему, что она беременна.
Палпатин, который фактически становится покровителем и наставником Энакина, назначает его своим личным представителем в Совете джедаев. Однако Совет, вынужденный согласиться с решением канцлера, отказывается произвести Энакина в ранг Магистра и вне протокола поручает ему слежку за действиями Палпатина. Разгневанный этими решениями Совета, Энакин теряет остатки веры в джедаев. С помощью Силы он видит будущее: Падме умрет во время родов. Канцлер Палпатин подталкивает Энакина к тому, чтобы познать все проявления Силы, в том числе и её тёмную сторону, чтобы научиться побеждать смерть. Энакину становится ясно, что Палпатин и есть Владыка Ситхов, которого так долго искал Орден Джедаев. Он раскрывает секрет Палпатина магистру Винду. Винду отправляется арестовать канцлера. Он отказывается взять Энакина с собой, так как не доверяет ему, и приказывает ждать его возвращения в Храме Джедаев. Энакину приходит неизбежная мысль: без Палпатина он потеряет шанс спасти свою жену. Кроме того, он не хочет предать своего наставника, который поддерживал его почти всю его жизнь.
Энакин направляется к Палпатину и становится свидетелем схватки между ним и Винду. Магистр выбивает меч из рук Палпатина и уже готов нанести ему смертельный удар, однако Энакин, вспомнив кодекс Джедаев, говорит, что Джедаи не убивают своих пленников. Тем временем Сидиус, изображая беззащитного пленника, убеждает Энакина, что Джедаи пытаются захватить власть. Винду принимает роковое решение — убить Палпатина, опасаясь, что влияние тёмного владыки на правительство Республики столь велико, что любой суд встанет на его сторону. Тем самым он окончательно склоняет Энакина на Тёмную сторону. Контрударом Энакин отсекает магистру Винду кисть руки с мечом. После этого Дарт Сидиус молнией Силы выбрасывает обезоруженного Винду из разбитого ранее в пылу схватки окна.
Энакину нет пути назад, ведь он, по сути, помог убить одного из магистров-джедаев. В отчаянии Энакин переходит на Тёмную сторону силы и приносит клятву верности своему новому учителю и повелителю. Дарт Сидиус даёт ему . По приказу Сидиуса он с поддержкой солдат-клонов убивает всех находящихся в Храме джедаев, не щадя ни падаванов, ни юнлингов. Клонам также отдаётся «приказ № 66» — указание убить всех рыцарей-джедаев, которые в большинстве своём оказываются не готовы к ударам в спину. По приказу Дарта Сидиуса Энакин на вулканической планете Мустафар убивает всех оставшихся лидеров Конфедерации, думая, что этим он принесёт долгожданный мир Республике. Оби-Ван и Йода, выжившие после «приказа № 66», прибывают в Храм Джедаев и зачищают его от клонов. Просмотрев голограмму системы наблюдения, Оби-Ван узнаёт, кто командовал клонами. Йода поручает Оби-Вану убить Энакина, и тот отправляется к Падме, но она отказывается сказать, где Энакин, и даже не верит в то, что он перешёл на Тёмную сторону. После этого разговора Падме вылетает к Энакину на Мустафар, а Оби-Ван втайне проникает на её корабль. Энакин, который уже успел завершить данное ему Дартом Сидиусом задание, выходит на площадку к кораблю Падме. Во время их разговора из корабля выходит Оби-Ван, из-за чего Энакин, заподозрив, что Падме привела его бывшего учителя специально, чтобы убить его, в гневе пытается удушить её Силой. Оби-Ван Кеноби ужасается происходящему. И начинается битва. В конце концов магистр Кеноби отсекает световым мечом обе ноги и левую руку Вейдера. Тот падает у русла с рекой расплавленной лавы. От жара его одежда вспыхивает и весь Энакин охвачен огнём. Оби-Ван, повернувшись спиной к бывшему ученику, подбирает световой меч Энакина и спешит на помощь к лежащей Падме. Обгоревшего и едва живого Вейдера спасает подоспевший Сидиус. На него надевают герметичный скафандр, который отныне будет служить ему опорой и системой жизнеобеспечения. Так Энакин Скайуокер становится известным по оригинальной трилогии Дартом Вейдером. Однако первый шаг к Тёмной стороне Силы Энакин сделал задолго до этих событий — когда на Татуине он истребил всё племя Песчаного народа, мстя за свою мать Шми Скайуокер. Следующим шагом Энакина к Тёмной стороне Силы было убийство безоружного Графа Дуку по приказу канцлера Палпатина. И, наконец, решающий шаг он сделал, когда предал магистра джедаев Винду и помог Палпатину одолеть его.
После участия в Войне Клонов Энакин и Оби-Ван возвращаются на Корусант. Во время осады столицы им поручено проникнуть на линкор «Незримая Длань», корабль одного из командиров армии сепаратистов, генерала Гривуса для того, чтобы освободить из плена канцлера Палпатина. Лидер сепаратистов Граф Дуку в поединке с джедаями оглушает Оби-Вана, но и сам оказывается повержен Энакином. Палпатин приказывает Энакину обезглавить беззащитного Графа. Энакин исполняет просьбу, но сомневается в её правильности. Убийство беззащитного пленника — не дело джедая. Палпатин утверждает, что Дуку «слишком опасен для того, чтобы его можно было оставить в живых». После спасения канцлера Энакин с помощью Оби-Вана сажает полуразрушенный крейсер на посадочную полосу на одном из космодромов на Корусанте. После возвращения Энакина на Корусант Падме рассказывает ему, что она беременна. Палпатин, который фактически становится покровителем и наставником Энакина, назначает его своим личным представителем в Совете джедаев. Однако Совет, вынужденный согласиться с решением канцлера, отказывается произвести Энакина в ранг Магистра и вне протокола поручает ему слежку за действиями Палпатина. Разгневанный этими решениями Совета, Энакин теряет остатки веры в джедаев. С помощью Силы он видит будущее: Падме умрет во время родов. Канцлер Палпатин подталкивает Энакина к тому, чтобы познать все проявления Силы, в том числе и её тёмную сторону, чтобы научиться побеждать смерть. Энакину становится ясно, что Палпатин и есть Владыка Ситхов, которого так долго искал Орден Джедаев. Он раскрывает секрет Палпатина магистру Винду. Винду отправляется арестовать канцлера. Он отказывается взять Энакина с собой, так как не доверяет ему, и приказывает ждать его возвращения в Храме Джедаев. Энакину приходит неизбежная мысль: без Палпатина он потеряет шанс спасти свою жену. Кроме того, он не хочет предать своего наставника, который поддерживал его почти всю его жизнь. Энакин направляется к Палпатину и становится свидетелем схватки между ним и Винду. Магистр выбивает меч из рук Палпатина и уже готов нанести ему смертельный удар, однако Энакин, вспомнив кодекс Джедаев, говорит, что Джедаи не убивают своих пленников. Тем временем Сидиус, изображая беззащитного пленника, убеждает Энакина, что Джедаи пытаются захватить власть. Винду принимает роковое решение — убить Палпатина, опасаясь, что влияние тёмного владыки на правительство Республики столь велико, что любой суд встанет на его сторону. Тем самым он окончательно склоняет Энакина на Тёмную сторону. Контрударом Энакин отсекает магистру Винду кисть руки с мечом. После этого Дарт Сидиус молнией Силы выбрасывает обезоруженного Винду из разбитого ранее в пылу схватки окна. Энакину нет пути назад, ведь он, по сути, помог убить одного из магистров-джедаев. В отчаянии Энакин переходит на Тёмную сторону силы и приносит клятву верности своему новому учителю и повелителю. Дарт Сидиус даёт ему . По приказу Сидиуса он с поддержкой солдат-клонов убивает всех находящихся в Храме джедаев, не щадя ни падаванов, ни юнлингов. Клонам также отдаётся «приказ № 66» — указание убить всех рыцарей-джедаев, которые в большинстве своём оказываются не готовы к ударам в спину. По приказу Дарта Сидиуса Энакин на вулканической планете Мустафар убивает всех оставшихся лидеров Конфедерации, думая, что этим он принесёт долгожданный мир Республике. Оби-Ван и Йода, выжившие после «приказа № 66», прибывают в Храм Джедаев и зачищают его от клонов. Просмотрев голограмму системы наблюдения, Оби-Ван узнаёт, кто командовал клонами. Йода поручает Оби-Вану убить Энакина, и тот отправляется к Падме, но она отказывается сказать, где Энакин, и даже не верит в то, что он перешёл на Тёмную сторону. После этого разговора Падме вылетает к Энакину на Мустафар, а Оби-Ван втайне проникает на её корабль. Энакин, который уже успел завершить данное ему Дартом Сидиусом задание, выходит на площадку к кораблю Падме. Во время их разговора из корабля выходит Оби-Ван, из-за чего Энакин, заподозрив, что Падме привела его бывшего учителя специально, чтобы убить его, в гневе пытается удушить её Силой. Оби-Ван Кеноби ужасается происходящему. И начинается битва. В конце концов магистр Кеноби отсекает световым мечом обе ноги и левую руку Вейдера. Тот падает у русла с рекой расплавленной лавы. От жара его одежда вспыхивает и весь Энакин охвачен огнём. Оби-Ван, повернувшись спиной к бывшему ученику, подбирает световой меч Энакина и спешит на помощь к лежащей Падме. Обгоревшего и едва живого Вейдера спасает подоспевший Сидиус. На него надевают герметичный скафандр, который отныне будет служить ему опорой и системой жизнеобеспечения. Так Энакин Скайуокер становится известным по оригинальной трилогии Дартом Вейдером. Однако первый шаг к Тёмной стороне Силы Энакин сделал задолго до этих событий — когда на Татуине он истребил всё племя Песчаного народа, мстя за свою мать Шми Скайуокер. Следующим шагом Энакина к Тёмной стороне Силы было убийство безоружного Графа Дуку по приказу канцлера Палпатина. И, наконец, решающий шаг он сделал, когда предал магистра джедаев Винду и помог Палпатину одолеть его.