В преамбуле фильма, в обратном воспроизведении, показывается нападение множества конвертопланов «Амбреллы» на корабль «Аркадия», на котором спасались уцелевшие, из предыдущего фильма. После вступительных титров, продолжаются события фильма. С одного из вертолётов спускается Джилл Валентайн, на груди у которой закреплён робот-паук. Элис удаётся застрелить пилота одного из конвертопланов, который без управления врезается в корабль и взрывается, в результате чего взрывной волной Элис выбрасывает в море.
Следующая сцена: Элис просыпается в доме, где её будит муж (Карлос Оливера), который говорит что будильник не сработал и им надо быстрее собираться — ему на работу, её дочери (Бекки), у которой ослаблен слух — на учёбу. Внезапно появляется зомби-маджини и атакует Карлоса. Выбежав на улицу пригорода, Элис и Бекки пытаются спастись от толпы настигающих их зомби. Понимая, что обеим им не спастись, Элис отвлекает преследовавшего их маджини и сбрасывает его на острые доски лестницы. Внезапно появляется её инфицированный муж и убивает её.
В следующей сцене Элис просыпается на полу тюремной башни-камеры с логотипом Амбреллы. Её допрашивает Джилл. Внезапно допрос прерывается сообщением от системы безопасности о перезагрузке в течение двух минут — это работа Альберта Вескера, который взломал систему Красной Королевы и помогает Элис бежать. Выйдя из помещения Элис оказывается на центральной площади Токио. В это время Красная Королева восстанавливает управление и намерена захватить или, в крайнем случае, уничтожить Элис. По динамикам громкой связи транслируется сообщение о загрузке симуляции Токио, после чего на улице начинает лить дождь, появляются люди и начинается атака зомби. Теснимая толпой зомби, Элис вновь забегает во внутренние помещения павильона Амбреллы, где среди расстрелянного персонала центра управления встречает некую женщину в красном платье, в которой Элис узнает Аду Вонг — оперативницу «Амбреллы» и одного из лучших агентов Вескера. На одном из экранов возникает изображение Альберта Вескера, который поясняет сложившуюся ситуацию: они находятся в главном лабораторном корпусе корпорации «Амбрелла» которая расположена на бывшей базе советских подводных лодок подо льдами Камчатки, в которой воссозданы некоторые кварталы Токио, Нью-Йорка и Москвы для проведения экспериментов с Т-вирусом путем симуляции эпидемии заражения вирусом в данных городах. Для освобождения Элис он высылает небольшую штурмовую группу на двух снегоходах. Также он сообщает, что после его и Ады Вонг ухода из корпорации, всем что осталось от корпорации управляет Красная Королева, которая и отдаёт приказы, в частности службе безопасности в состав которой входят Джил и клоны Карлоса Оливера, Рейн Окампо и Джеймс Шэйд («Первый»).
Штурмовая группа, в состав которой помимо прочих входит Леон Кеннеди, минирует наружную часть и шахты системы вентиляции базы, выставляет на таймерах детонаторов двухчасовую выдержку и проникает внутрь. Красная Королева собирается уничтожить противников, для чего активирует симуляции в павильонах, через которые продвигаются навстречу друг другу штурмовой отряд и Элис. На Элис и Вонг в симуляторе Нью-Йорка нападают два Палача. Уходя, они преодолевают границу между полигонами и оказываются в симуляторе пригорода Раккун-сити. Проходя мимо одного из домов, Элис говорит Аде, что из окон одного из домов за ними кто-то наблюдает. Внутри они обнаруживают труп клона Элис, зомби и живую Бекки, которую забирают с собой. Однако на выходе из дома их встречает отряд службы безопасности Амбреллы: Джеймс «Первый» Шейд, Карлос Оливера и Рейн Окампо во главе с Джилл Валентайн. Ада остаётся прикрывать и отстреливается от противников, в то время как Элис с Бекки уходят.
Штурмовой отряд, преодолевая симулятор Москвы, подвергается атаке группы противников в симуляции «Чума». Отряд несёт потери и тесним толпами вооруженных солдат-зомби. Остаткам группы удаётся прорваться из ГУМа, куда их зажала атакующая толпа зомби и лизунов. В это время к ним на автомобиле «Ролс-Ройс» прорывается Элис, которая с боем вывозит остатки штурмовой группы. Спасаясь, они врываются на симуляцию станции метро «Арбатская». Добравшись до подъёмника на поверхность они пытаются им воспользоваться, но Красная Королева дистанционно отключает электричество и вновь организует атаку службы безопасности. Напавший Лизун забирает собой Бекки, и Элис идёт на её выручку. Застрелив Лизуна и забрав несколько гранат, героини попадают в помещение, где на конвейере движутся многочисленные клоны Элис и Бекки, и Бекки судорожно пытается узнать у матери, кто есть кто. В это время, Лизун нападает на пару, те, бросают гранаты и уничтожают конвейеры с клонами. Когда отсчёт времени на детонаторе доходит до ноля происходит взрыв в системе вентиляции, и внутрь сметая всё на своём пути врывается вода. Сумев восстановить подачу электроэнергии, выжившие выбираются из базы и уезжают на снегоходе. Однако лёд начинает трескаться и вздыбливаться, из-за чего вездеход переворачивается, когда из подо льда всплывает подводная лодка. Из рубки выходят Джилл, Рейн и, в качестве заложницы, Ада Вонг. Рейн вводит себе в аорту паразита Лас-Плагас, вследствие чего становится практически неуязвимой и в схватке убивает Лютера и ранит Леона. В исходе схватки Элис удается сорвать с груди Джилл робота-паука по которому транслировались приказы Красной Королевы, и Джил приходит в себя. Понимая невозможность убить Рейн, Элис стреляет по льду, и Рейн падает в пробитую пулями полынью, в итоге зомби утягивают её на дно. Конвертоплан забирает выживших, которых доставляют в осаждённый Вашингтон. Войдя в Овальный кабинет Элис обнаруживает там Вескера. Он вводит ей сыворотку, возвращая прежние способности. Вескер говорит о необходимости применения Элис как оружия с целью спасения человечества и выводит её на крышу, с которой становится видно полчища зомби, лизунов и летающих паразитов Кипепео, осаждающих Белый дом.
В преамбуле фильма, в обратном воспроизведении, показывается нападение множества конвертопланов «Амбреллы» на корабль «Аркадия», на котором спасались уцелевшие, из предыдущего фильма. После вступительных титров, продолжаются события фильма. С одного из вертолётов спускается Джилл Валентайн, на груди у которой закреплён робот-паук. Элис удаётся застрелить пилота одного из конвертопланов, который без управления врезается в корабль и взрывается, в результате чего взрывной волной Элис выбрасывает в море. Следующая сцена: Элис просыпается в доме, где её будит муж (Карлос Оливера), который говорит что будильник не сработал и им надо быстрее собираться — ему на работу, её дочери (Бекки), у которой ослаблен слух — на учёбу. Внезапно появляется зомби-маджини и атакует Карлоса. Выбежав на улицу пригорода, Элис и Бекки пытаются спастись от толпы настигающих их зомби. Понимая, что обеим им не спастись, Элис отвлекает преследовавшего их маджини и сбрасывает его на острые доски лестницы. Внезапно появляется её инфицированный муж и убивает её. В следующей сцене Элис просыпается на полу тюремной башни-камеры с логотипом Амбреллы. Её допрашивает Джилл. Внезапно допрос прерывается сообщением от системы безопасности о перезагрузке в течение двух минут — это работа Альберта Вескера, который взломал систему Красной Королевы и помогает Элис бежать. Выйдя из помещения Элис оказывается на центральной площади Токио. В это время Красная Королева восстанавливает управление и намерена захватить или, в крайнем случае, уничтожить Элис. По динамикам громкой связи транслируется сообщение о загрузке симуляции Токио, после чего на улице начинает лить дождь, появляются люди и начинается атака зомби. Теснимая толпой зомби, Элис вновь забегает во внутренние помещения павильона Амбреллы, где среди расстрелянного персонала центра управления встречает некую женщину в красном платье, в которой Элис узнает Аду Вонг — оперативницу «Амбреллы» и одного из лучших агентов Вескера. На одном из экранов возникает изображение Альберта Вескера, который поясняет сложившуюся ситуацию: они находятся в главном лабораторном корпусе корпорации «Амбрелла» которая расположена на бывшей базе советских подводных лодок подо льдами Камчатки, в которой воссозданы некоторые кварталы Токио, Нью-Йорка и Москвы для проведения экспериментов с Т-вирусом путем симуляции эпидемии заражения вирусом в данных городах. Для освобождения Элис он высылает небольшую штурмовую группу на двух снегоходах. Также он сообщает, что после его и Ады Вонг ухода из корпорации, всем что осталось от корпорации управляет Красная Королева, которая и отдаёт приказы, в частности службе безопасности в состав которой входят Джил и клоны Карлоса Оливера, Рейн Окампо и Джеймс Шэйд («Первый»). Штурмовая группа, в состав которой помимо прочих входит Леон Кеннеди, минирует наружную часть и шахты системы вентиляции базы, выставляет на таймерах детонаторов двухчасовую выдержку и проникает внутрь. Красная Королева собирается уничтожить противников, для чего активирует симуляции в павильонах, через которые продвигаются навстречу друг другу штурмовой отряд и Элис. На Элис и Вонг в симуляторе Нью-Йорка нападают два Палача. Уходя, они преодолевают границу между полигонами и оказываются в симуляторе пригорода Раккун-сити. Проходя мимо одного из домов, Элис говорит Аде, что из окон одного из домов за ними кто-то наблюдает. Внутри они обнаруживают труп клона Элис, зомби и живую Бекки, которую забирают с собой. Однако на выходе из дома их встречает отряд службы безопасности Амбреллы: Джеймс «Первый» Шейд, Карлос Оливера и Рейн Окампо во главе с Джилл Валентайн. Ада остаётся прикрывать и отстреливается от противников, в то время как Элис с Бекки уходят. Штурмовой отряд, преодолевая симулятор Москвы, подвергается атаке группы противников в симуляции «Чума». Отряд несёт потери и тесним толпами вооруженных солдат-зомби. Остаткам группы удаётся прорваться из ГУМа, куда их зажала атакующая толпа зомби и лизунов. В это время к ним на автомобиле «Ролс-Ройс» прорывается Элис, которая с боем вывозит остатки штурмовой группы. Спасаясь, они врываются на симуляцию станции метро «Арбатская». Добравшись до подъёмника на поверхность они пытаются им воспользоваться, но Красная Королева дистанционно отключает электричество и вновь организует атаку службы безопасности. Напавший Лизун забирает собой Бекки, и Элис идёт на её выручку. Застрелив Лизуна и забрав несколько гранат, героини попадают в помещение, где на конвейере движутся многочисленные клоны Элис и Бекки, и Бекки судорожно пытается узнать у матери, кто есть кто. В это время, Лизун нападает на пару, те, бросают гранаты и уничтожают конвейеры с клонами. Когда отсчёт времени на детонаторе доходит до ноля происходит взрыв в системе вентиляции, и внутрь сметая всё на своём пути врывается вода. Сумев восстановить подачу электроэнергии, выжившие выбираются из базы и уезжают на снегоходе. Однако лёд начинает трескаться и вздыбливаться, из-за чего вездеход переворачивается, когда из подо льда всплывает подводная лодка. Из рубки выходят Джилл, Рейн и, в качестве заложницы, Ада Вонг. Рейн вводит себе в аорту паразита Лас-Плагас, вследствие чего становится практически неуязвимой и в схватке убивает Лютера и ранит Леона. В исходе схватки Элис удается сорвать с груди Джилл робота-паука по которому транслировались приказы Красной Королевы, и Джил приходит в себя. Понимая невозможность убить Рейн, Элис стреляет по льду, и Рейн падает в пробитую пулями полынью, в итоге зомби утягивают её на дно. Конвертоплан забирает выживших, которых доставляют в осаждённый Вашингтон. Войдя в Овальный кабинет Элис обнаруживает там Вескера. Он вводит ей сыворотку, возвращая прежние способности. Вескер говорит о необходимости применения Элис как оружия с целью спасения человечества и выводит её на крышу, с которой становится видно полчища зомби, лизунов и летающих паразитов Кипепео, осаждающих Белый дом.